До войны и военные годы поликлиника (в будущем поликлиника госпиталя) находилась в центре города по улице Каландаришвили, 39. С октября 1944 года по распоряжению Наркомздрава переименована в поликлинику специального назначения по обслуживанию руководящего состава и партийно-советского актива. Состояла она из 4 кабинетов.
А в 1954 году было открыто стационарное отделение на 10 коек при городском родильном доме. Стационарное отделение не имело своих кабинетов для обследования больных, столовой, поэтому пользовались отделениями Республиканской больницы.
В соответствии с Постановлением Правительства Бур. АССР в 1962 г. была открыта поликлиника во вновь выстроенном доме по проспекту Победы, 10, со всеми необходимыми кабинетами для врачей, физиокабинетом, стоматологическим и массажным кабинетами. Количество обслуживаемого населения из года в год росло, и в 1978 году по решению горисполкома поликлинике, был передан один вышерасположенный этаж. Таким образом, площадь поликлиники была увеличена, открылись дополнительные кабинеты, в частности, кардиологический, зубопротезный и др. В 1965 году начато строительство нового стационара и в 1970 году было открыто стационарное отделение на 35 коек с кухней, столовой, овощехранилищем, клинико-биохимической лабораторией, солярием и со всеми другими вспомогательными кабинетами. Заведующей стационарным отделением была назначена Бунаева A.M. Пришли квалифицированные врачи, окончившие ординатуру: Тарнуев В:А., Ушакова А.Д., Муруева А.Г., Помулева Р.И., Цыбикова Э.Е., Малышева Т.В., Мотоев Н.Н., Щеголихина Ф.А., Шафирова Е.А., Будаева Е.В.
Больница строила свою работу по типу 4-го главного управления МЗ РСФСР и подчинялась МЗ Бурятской АССР. Все врачи были обучены на базе этого управления. Одной из основных задач – это ежегодная диспансеризация прикрепленного контингента, лечение и профилактика в стационарных условиях, а поликлиника работала по участковому принципу. На дому медицинская помощь оказывалась бригадным методом. Участковый врач с медсестрой выезжали на дом с аппаратом ЭКГ и необходимыми лекарственными препаратами, а так же проводились лабораторные исследования и консультации всех узких специалистов. Больница часто пользовалась консультациями научных сотрудников Иркутска, Ленинграда, Москвы, а также имела возможность госпитализировать пациентов в стационары г. Москвы.
До открытия специализированного госпиталя для ветеранов войн, участники ВОВ находились на диспансерном учете и лечении в общей лечебной сети. А в январе 1990 года в соответствии с Постановлением Совета Министров РСФСР от 08.02.86 за № 89 и Приказа Минздрава РСФСР от 12.01.90г. «О строительстве госпиталей для инвалидов и участников ВОВ», приказа Министерства здравоохранения Бур. АССР №111 от 27.04.1990г. произошла реорганизация больницы № 3 в Госпиталь для инвалидов ВОВ и СА с коечным фондом 105 коек. Материально-техническая база соответствовала современному уровню. В дальнейшем происходит формирование отделений: кардиологического на 27 коек, терапевтического, которое в ноябре 1997 года было реорганизовано в пульмонологическое на 30 коек. В 1991 году открывается неврологическое отделение на 40 коек, перешедшее в 1995 году в новый корпус, в 1993 году — хирургическое отделение на 40 коек и РАО на 6 коек.
Бурятский филиал Института физиологии и патологии дыхания Сибирского отделения Российской Академии наук (ИФПД СО РАМН) на 30 коек торакальной хирургии был переведен в помещение госпиталя 2 марта 1992 года (30 пульмонологических коек института расположились в п. Онохой). Но в связи с тем, что институт столкнулся с серьезными экономическими проблемами, ТХО было передано госпиталю — в 1995 году образовалось 1 терапевтическое отделение. Второе терапевтическое отделение на 22 койки открылось в июне 1996 года и заняло весь первый этаж пятиэтажного дома по улице Столбовая, 64.
В 1990 году на базе госпиталя открывается филиал Иркутского Государственного Института Усовершенствования врачей (ИГИУВ) — кафедра Фито-Рефлексотерапии во главе с профессором С.М. Николаевым, которая в 1995 году разделилась на две: Традиционной медицины (зав. кафедрой доцент, к.м.н. Б.Г. Бальжиров) и Фитотерапии (зав. кафедрой профессор С.М. Николаев). Госпиталь стал базой кафедры Традиционной медицины. На кафедре проводились научные работы – исследование, разработку методов традиционной медицины, их сочетание с современными методами лечения, внедрение наиболее перспективных экологически чистых и безопасных методов лечения. Так же на базе госпиталя работали филиал Дальневосточного научного центра физиологии и патологии дыхания Сибирского отделения Российской Академии наук, кафедра терапии ИГИУВа, «Астма-школа» для пульмонологических больных. В 1997 году начинается строительство надстроя к основному зданию, т.е. третьего этажа. Это позволило увеличить полезную площадь и разместить администрацию госпиталя, кафедры ИГИУВа и республиканскую МСЭК.
В целях создания единого геронтологического центра и совершенствования оказания медико-социальной помощи лицам старше трудоспособного возраста вышло Постановление Правительства Республики Бурятия №286 от 28.12.2004 года о переходе «Республиканского клинического госпиталя для ветеранов войн» из Министерства здравоохранения Республики Бурятия в Министерство труда и социального развития РБ и внесены изменения в учредительные документы, где права учредителя возложены на Министерство труда и социального развития. В связи с переходом 01.04.2005 года Госпиталя в другое ведомство в плане оказания высококвалифицированной медицинской помощи ничего не изменилось, связи с лечебными учреждениями, с Министерством здравоохранения Республики Бурятия не утрачены.
В 2005 г. — в год 60-летия Победы в Великой Отечественной войне, в г. Самара состоялось Всероссийское совещание начальников госпиталей и проходил Международный семинар «Здоровье ветеранов 2 Мировой войны» и 1 Всероссийский конкурс на звание «Лучший госпиталь для ветеранов войн», целью которого являлось распространение и обобщение передового опыта работы этих учреждений, а также совершенствование лечебно-диагностического процесса. Из 54 госпиталей России, участвовавших в конкурсе, госпиталь занял по показателям почетное 3 место. Участие в конкурсе, почетное 3 место стали не только значительным событием в жизни коллектива госпиталя и свидетельством большой и успешной работы руководства и коллектива госпиталя, но и выявило его слабые стороны, основным из которых является слабая материально-техническая оснащенность. В настоящее время госпиталь реконструирован и оснащен высокотехнологическим оборудованием для улучшения доступности и эффективности оказания медицинской помощи ветеранам.
В конце 2006 г. в честь 15-летия СНГ в Москве прошел Международный конкурс на лучшее учреждение по профилактике заболеваний, укреплению здоровья и реабилитации ветеранов войн и участников локальных конфликтов, в котором принимали участие госпитали России и стран СНГ. В номинации «За эффективное научное и социальное партнерство в решении проблем реабилитации» госпиталю вручен Диплом победителя Международного конкурса, а главному врачу — благодарность за проявленный профессионализм в деле сохранения и укрепления здоровья и социальной реабилитации ветеранов войн и участников локальных конфликтов.
В 2009 году на III Международном конкурсе на звание «Лучшее учреждение по профилактике заболеваний, укреплению здоровья и реабилитации ветеранов войн и участников локальных конфликтов» и на Международном научно-практической конференции, посвященной 20-летию вывода войск из Афганистана госпиталь признан лучшим учреждением в номинации «Высокое качество и преемственность медицинской помощи» и награжден дипломом и памятными подарками.
1944–1948г.г. – главный врач Гальперова Ф.С.
1948–1950г.г. – главный врач Андресюк Н.А.
1955–1962г.г. – главный врач Дудин В.М., Заслуженный врач Бурятской АССР и РСФСР.
1962–1986г.г. – главный врач Паршкова А.И., Заслуженный врач РБ и РФ, кавалер Ордена Почета.
1986 – 2002 г.г. – главный врач Тарнуев В.А., врач высшей категории, к.м.н., Заслуженный врач РБ и РФ, лауреат премии имени Т.И. Ерошевского, награжден Орденом Почета, зав. кафедры иглорефлексотерапии филиала ИГИДУВ.
С 2002 года – главный врач Дроздов С.В., Заслуженный врач РБ и РФ, врач высшей категории.
